Há duas legislações envolvidas: as especificações técnicas da NF-e, e o Regulamento do ICMS.

No momento, as especificações técnicas da NF-e não incluem validações referentes aos campos EAN e EAN Trib, exceto quanto ao número de caracteres do campo (são admissíveis 0, 8, 12, 13 ou 14 caracteres), preenchimento incorreto apenas com zeros e dígito de controle inválido. Assim, nenhuma nota será rejeitada por não informar os códigos.

Porém, se o produto possuir código de barras mas a NF-e for emitida sem essa indicação, ou se for informado um código que não corresponda à realidade, então, mesmo com o uso autorizado, a nota poderá posteriormente ser considerada inidônea, por ter omitido indicações. Isso está definido no Regulamento do ICMS, Livro II, artigo 13:

"Art. 13 - É considerado inidôneo, para todos os efeitos fiscais, fazendo prova apenas em favor do Fisco, o documento fiscal que:
I - omitir indicações;
(...)
IV - contenha declarações inexatas, esteja preenchido de forma ilegível ou apresente emendas ou rasuras."