Sim, a NF-e substitui a Nota Fiscal em papel modelos 1 ou 1A e o DANFE (representação gráfica simplificada da NF-e) é aceito no trânsito da mercadoria interestadual e no trânsito da mercadoria até o embarque da mercadoria.

A Receita Federal, os demais Estados da Federação e o Distrito Federal aprovaram o Modelo de Nota Fiscal Eletrônica e, independentemente de determinada Unidade da Federação estar ou não preparada para que seus contribuintes sejam emissores de Nota Fiscal Eletrônica, o modelo é reconhecido como hábil para acobertar o trânsito e o recebimento de mercadorias em qualquer parte do território nacional.

A Cláusula oitava do Ajuste SINIEF 07/05, com alterações introduzidas pela Ajuste SINIEF 04/06 e Ajuste SINIEF 08/07, determina em seu parágrafo primeiro:

"Cláusula oitava Concedida a Autorização de Uso da NF-e, a administração tributária da unidade federada do emitente deverá transmitir a NF-e para a Receita Federal do Brasil.
§ 1º A administração tributária da unidade federada do emitente também deverá transmitir a NF-e para:
I - a unidade federada de destino das mercadorias, no caso de operação interestadual;
II - a unidade federada onde deva se processar o embarque de mercadoria na saída para o exterior;
III - a unidade federada de desembaraço aduaneiro, tratando-se de operação de importação de mercadoria ou bem do exterior.
IV - a Superintendência da Zona Franca de Manaus - SUFRAMA, quando a NF-e tiver como destinatário pessoa localizada nas áreas incentivadas."